El uso de preservativo protege de la infección por VPH en un 70% de los casos. El 30% restante donde no protege se debe a la existencia de lesiones en zonas no cubiertas por el preservativo y el mal uso del mismo.

La FDA aprobó una vacuna profiláctica contra el virus del papiloma humano (VPH). La vacuna proporciona poco beneficio a las mujeres que ya estén infectadas con los tipos VPH 16 y 18, es decir, a la mayor parte de las mujeres sexualmente activas, ya que las vacunas no tienen ningún efecto terapéutico sobre la infección ya existente ni sobre las lesiones cervicales. Por esta razón, la vacuna se recomienda principalmente a mujeres que aún no hayan iniciado relaciones sexuales. La CDC recomienda a mujeres entre 11 y 26 años que se vacunen, aunque niñas de incluso 9 años pueden verse beneficiadas. La efectividad real de las vacunas para reducir las tasas de incidencia y mortalidad por cáncer de cuello uterino es aún desconocida.

Puesto que las actuales vacunas no protegen a las mujeres frente a todos los serotipos de VPH que causan cáncer cervical, es importante que las mujeres sigan con las pruebas de citología y papanicolau, incluso después de haber recibido la vacuna.

La vacuna también se puede aplicar en niños de 9 a 15 años, ayudan a proteger a los niños contra ciertos cánceres y pre cánceres anales, así como para ayudar a prevenir las verrugas anales y genitales. Estas vacunas se deben administrar antes de comenzar la actividad sexual, si ya ha comenzado actividad sexual garantizar no tener contacto con virus, aunque están aprobadas para distintos grupos de edad.